Os Romanos chamaram a esta terra Amindula, a qual se situava à beira da via romana que ia de Igaedis (Idanha-a-Velha) a Tubucci (Abrantes).
Os primeiros núcleos populacionais de Amêndoa remontam a épocas pré- históricas sendo que, desta época, foram encontrados alguns vestígios como a Anta do Cabeço das Penedentas, no lugar de Pêro Gonçalves, que seria um dólmen onde se encontrou uma placa de ardósia com dois orifícios ao alto, representando um ídolo muito frequente na Lusitânia e exclusivo da Península Ibérica.
Outro grande marco histórico, foi a descoberta do Castro de S. Miguel, na Serra da Ladeira. Na sua envolvência foi recolhido um grande espólio com objectos como mós, machados, lanças, alviões, placa de cobre gravada, e cerâmica avulsa. Numa vinha próxima, denominada como Coutada, foram recolhidos alguns fragmentos de “opustelatum” polícromos, partes de mosaico romano de decoração geométrica e cerâmica do século I a.C.
Este Castro, de construção celta, conserva ainda restos de uma muralha que datará de 350 a.C. e crê-se ter sido habitado até ao sec. 7 d.C. devido aos diversos fragmentos nele encontrados, entre os quais uma fivela de cinto visigótico.
Após a reconquista aos mouros por D. Afonso Henriques em 1165, Amêndoa foi doada aos Templários, aos quais pertenceu até 1174. Em 1231, pertencia já à Ordem de Malta, à qual tinha sido dada toda a terra de Guidintesta por D. Sancho I, em 1194. Em 1336 era já uma população bastante autónoma, com jurisdição própria de uma vila pois possuía juízes e almotacés, o que lhe permitia obter rendas e direitos reais. Em 1372, D. Fernando I doou a D. Afonso Fernandes de Lacerda, entre outras coisas, metade da vila com todas as jurisdições, a qual mais tarde e por sucessão, veio a recair nos Marqueses de Fontes e mais tarde nos de Abrantes.
No ano de 1514 por ordem de D. Manuel I passou a ser comenda da Ordem de Cristo e, em 1527, D. João III ordenou a realização do primeiro “Recenseamento Geral da População”. Nesta data, Amêndoa registava 36 fogos e 162 habitantes.
Após seiscentos anos como concelho, em 1836, Amêndoa desceu à categoria de freguesia, sendo integrada no concelho de Vila de Rei até que, por decreto de 6 de julho de 1888, passou a fazer parte do concelho de Mação.
Outro grande atractivo desta vila é a Igreja de N. S. da Conceição um templo de sec. 13 e que está já incluído no “Catálogo de todas as Igrejas de Portugal do ano de 1320 ”. É uma igreja de três naves onde podemos admirar um cadeirão feito de madeira do Brasil com couro lavrado, com pregaria amarela e o brasão dos Castros. Aqui existe também um prato de ofertas de latão com uma inscrição gótica. Podemos ainda observar pinturas sobre tela figurando S. Miguel do sec.18..